In de 13e eeuw verhuisden de Cisterciënzerinnen vanuit hun kloosterpand in Onderbergen, naast de Sint-Michielskerk, naar hun nieuwe klooster met infirmerie, genaamd "Haven van Maria" of nog "Toevlucht van Maria", vandaag beter bekend als de Bijloke. Zij dankten hun nieuwe abdij aan de interventie van Gravin Johanna van Constantinopel, dochter van Boudewijn IX van Vlaanderen, die in 1236 in Rijsel, een vergelijkbare infirmerie stichtte, het Hospice de la Comtesse Jeanne.
Een aantal godvruchtig levende vrouwen (de mulieres sanctae, de mulieres religiosae, de virgines continentes) die aanvankelijk leefden in de schaduw van het klooster in Onderbergen om er een bijdrage te leveren aan de ziekenzorg, verhuisden mee naar de nabijheid van de Bijloke. Maar weldra kregen ook zij, door tegemoetkoming van Gravin Johanna van Constantinopel, de beschikking over een stuk land, meer bepaald een moerassig gebied, omringd door natuurlijke waterlopen, aan het einde van de Burgstraat.
Het begijnhof uit 1234 groeide in de loop der eeuwen uit tot een begijnhofstad bestaande uit een kerk, het huis van de grootjuffer, een infirmerie, een infirmeriekapel, 18 conventen en 103 begijnenhuizen, een bleekweide en een boomgaard.
Een samenloop van omstandigheden, zoals de Franse Revolutie (waardoor de kerkelijke goederen eigendom van de gemeenten werden), het aan de macht komen van een liberaal stadsbestuur in de stad Gent, de industriële revolutie (met de vraag naar goedkope arbeiderswoningen) en het idee van de stadsarchitecten om de stad Gent "open te gooien" door onder meer het Begijnhof af te breken, leidde er uiteindelijk toe dat de begijnen zich verplicht zagen te verhuizen naar een nieuwe opgebouwd Groot begijnhof in Sint-Amandsberg, net ten oosten van het stadscentrum. Mede door de (ook financiële) inzet van de Hertog van Arenberg was in twee jaar tijd dit nieuwe begijnhof in Sint-Amandsberg in recordtempo opgetrokken. Meer dan 600 begijnen verhuisden ernaar op 29 september 1874.